Essa resposta depende da atividade da sua empresa. Essa escolha também está vinculada ao faturamento da empresa e as despesas que a empresa tem.
No lucro presumido, o governo presume que seu lucro é: 32% para empresas de serviço; 8% para indústria e comércio.
Se sua empresa de serviço lucra menos que 32% sobre a receita, é melhor optar pelo regime de Lucro Real. Pois assim a empresa pagará o tributo correto. O mesmo se aplica se a empresa for industrial ou comercial.